Pour s’alimenter, l’huître a développé un système de filtration de l’eau de mer par l’intermédiaire de branchies qui lui permettent de trier les particules mais aussi de respirer.
L’huître est herbivore. Elle se nourrit essentiellement de phytoplancton (80 à 90 %), ainsi que de matières organiques dissoutes.
L’huître fait une sélection pré-ingestive : seules les particules d’une taille moyenne inférieure ou égale à environ 10 μm sont ingérés, le reste est évacué sous forme de pseudofécès.
Le manteau aspire l’eau et rejette des particules indésirables sous forme de pseudofécès. Les branchies, composées de cellules ciliaires et de cellules à mucus, filtrent les particules selon leur taille.
Les particules sont ensuite conduites aux palpes labiaux et à la bouche, puis vers le système digestif (œsophage, estomac, glande digestive). C’est l’épithélium cilié qui permet leur transport.

Son alimentation résulte donc de deux actions : le pompage et la filtration.
L’huître pompe l’eau de mer pour capter les particules nécessaires à son alimentation, et l’oxygène nécessaire à sa respiration.